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La creciente importancia del “Data Sharing”
noviembre 22, 2010, 9:25 pm
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Desde que en 2003 se aprobara la Declaración de Berlín sobre el  Open Access, la apertura y libre difusión del conocimiento científico ha ido ganando terreno, seguidores y adeptos día a dia.

 Quizás no tanto en un país como el nuestro, pero sí en el acervo científico internacional.

 Las grandes editoras STM incorporan desde hace varios años títulos en OP, o liberan años retrospectivos o incluyen la posibilidad de publicar en OP y depositar el artículo en un repositorio institucional.

 Pero dando un paso más allá, aquella parte de la comunidad científica que cree en el conocimiento abierto, ha ido compartiendo los datos primigenios de las investigaciones científicas, conscientes de que este material crudo puede ser una materia prima fundamental para que una misma línea de investigación de resultados diferentes y complementarios. El auténtico trabajo colaborativo.

 El caso más conocido y exitoso, el mapa de la secuencia del genoma humano.  Ya en 1.996, en un encuentro celebrado en las Islas Bermudas, por Human Genome Project (HGP), se diseñó e implementó una política de rápida liberalización de datos  para el intercambio entre los centros internacionales de la secuencia del genoma humano, los cuales se reservaron el derecho de ser los primeros en describir y analizar el conjunto de datos completos en publicaciones “peer-review”. El resultado fue que el trabajo colaborativo condujo a nuevas ideas y descubrimientos e información sobre 30 nuevos genes antes de la publicación del mapa completo del genoma humano.

En vista del éxito de esta rápida liberalización de los “raw data” , en 2009, el Centro de Canadá, celebró un Workshop para la estandarización y el establecimiento de políticas internacionales que faciliten este proceso, así como la creación de nuevos bancos de datos para las ciencias de la vida.

 Sin embargo, la liberalización de los datos brutos supone a día de hoy varios problemas y controversias.

 1. El flujo de trabajo del científico, muchos no archivan sus datos o lo hacen en formatos no intercambiables y por tanto de difícil recuperación.

2.  Clasificación de los datos, pueden ser útiles a varias subdisciplinas dentro de una misma.

3. Cantidad y calidad de los datos, recolectar y archivar gran cantidad de datos por los centros pertinentes, puede significar una pérdida de tiempo considerable para el científico, ya que dentro de cada “set” puede haber cantidades de datos no  relevantes. Se plantea la necesidad de una selección previa para un archivo eficiente de datos útiles, pero también una normalización sobre este tipo de decisiones.

 4. Estandarización de los formatos, punto básico para que puedan ser compartidos y recuperados.

5. Utilización legal de los datos, para evitar el plagio o  las malas prácticas.

Si hasta ahora las organizaciones gubernamentales de apoyo a la ciencia y asociaciones de científicos sin ánimo de lucro lideraban este proyecto, el testigo se recoge por las alguna de las editoriales STM más receptivas a los movimientos de liberalización de conocimiento científico, lo que demuestra que el “data sharing” cada vez cobra más fuerza dentro del panorama investigador internacional.

 Entre ellas,  Nature Publishing Group, que ha puesto en marcha dos proyectos para normalizar las buenas prácticas en la pre-publicación del “data sharing”.

 El primero en colaboración con The National Human Genome Research Institute y Human Microbiome Project, Nature Precedings y Nature Genetics, tiene como objetivo fomentar entre la comunidad científica, el intercambio de datos antes de su publicación.

 El segundo, se orienta hacia la estandarización del proceso y de los datos, para crear archivos estables y citables dentro de la comunidad científica.

 La segunda parte de BioMed Central, a través de su publicación, BMC Research Notes, y dirigida a fomentar las buenas prácticas en la normalización, publicación y “sharing” de los datos.

 BMC Research Notes pone a disposición de los autores que quieran publicar una guía sobre los estándares específicos para  datos. Pero considerando que han de ser los mismos científicos los que decidan cuál es el formato más adecuado.

 A call for BMC Research Notes contributions promoting best practice in data standardization, sharing and publication

 El terreno está abonado para una mayor transparencia e intercambio de datos a nivel internacional, sólo queda saber si los científicos españoles se unirán a esta corriente de conocimiento abierto o no…. Esta humilde transcriptora de noticias, espera fervientemente que sea así….



La misión del Apolo 11 retransmitida en Twitter 40 años después
agosto 27, 2009, 7:34 am
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Pues está claro que ni el pasado se libra de las nuevas tecnologías…

 Para celebrar los 40 años de la llegada del hombre a la luna, Nature examina el legado de las misiones del Apolo y su influencia en la ciencia lunar.

En Nature news se puede acceder libremente a esta revisión del pasado y previsión del futuro, mediante cronologías interactivas, galerías de imágenes y entrevistas. Muy entretenido y ameno para los ajenos al tema.

 Pero el “must” de esta iniciativa radica en revivir paso a paso la aventura del Apolo a través de Twitter. También se ha creado un blog con información adicional sobre el contexto de la misión y sus repercusiones en la ciencia y la sociedad en general.

apolo



Nature Publishing Group caminando hacia la web semántica
agosto 26, 2009, 11:19 am
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En este mes de agosto Nature Publishing Group lanza dos importantes novedades en su web y en sus revistas:

1. MarkLogic Server para poner en marcha una plataforma de búsqueda mejorada

 Implantación de un repositorio de XML, desarrollado por MarkLogic., que se traduce en una plataforma de búsqueda que supone una recuperación de la información más rápida, eficaz y actualizada.

 El funcionamiento es fácil, el servidor de MarkLogic extrae automáticamente los metadatos de los artículos añadiéndose a la base de datos.

 El repositorio trabaja sobre todas las series de Nature e incluso sobre Nature news, y sobre la plataforma de Palgrave E-Boook, y Palgrave Connect.

2. Enriquecimiento semántico de los archivos PDF

 Mediante la incorporación de XMP (eXtensible Metadata Platform, Plataforma Extensible de Metadatos) a los PDF de Nature. El proyecto ha sido desarrollado por The Charlesworth Group, consistente en la implantación de un sistema automatizado que extrae información de los archivos XML y la convierte en archivos PDF standarizados y validados con los metadatos XMP  emebebidos en el PDF.

 De esta manera los datos bibliográficos: título, autor, palabras clave, copyright y materia pueden ser embebidos dentro del documento PDF en un formato que no solamente puede ser entendido por la mente humana sino también por ordenadores, robots de búsqueda, plataformas de búsqueda, etc.



Eulician Islands – Twitter – Tim O’Really
junio 26, 2009, 6:14 pm
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Cómo se combinan estos tres elementos??, pues muy fácil, en Second Life.

 Nature organiza un webcast en su archipiélago, Eulician Island, en el que participarán Tim O’Really y Sarah Milstein hablarán sobre Twitter, ambos son coautores de The Twitter Book

 En el webcast, según la información de Nature, mostrarán cómo usar Twitter de una forma más eficientemente, tanto para la socialización personal como para usos empresariales. También explicarán porqué Twitter es un emergente e importante canal de comunicación social, profesional y empresarial, a través de trucos y ejemplos de éxito reales.

 Después del webcast, se abrirá una sesión en abierto para que los asistentes planten sus dudas y entablar una conversación a tiempo real, y por supuesto, las preguntas también llegarán desde Twitter.

Location: Amphitheatre
Date: Wednesday 10 June
Time: 6pm BST / 10am PST
Contact: Joanna Wombat

eulician_islands



Darwin en los metaversos
febrero 20, 2009, 6:49 pm
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Interesante iniciativa de NPG, que propone un juego interactivo en Eulician Islands para celebrar el bicentenario de Charles Darwin.

Eulician Islands son las islas que NPG posee en Second Life y en las cuales se celebran eventos científicos de forma regular.

E 25 de febrero se pondrá el marcha un juego interactivo llamado: “Notes from the voyage”, en el que los participantes deberán completar una serie de tareas navegando en aguas bravas, evitando erupciones volcánicas, nadando entre arrecifes de corales y sobreviviendo en la vida salvaje para revivir las aventuras de Darwin.

http://www.nature.com/secondnature/events.html



Nature Publishing Group amplía sus opciones de open access
febrero 20, 2009, 6:21 pm
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Nature Publishing Group amplía sus opciones de open access mediante dos sistemas denominados:

 

“Green”

Autoarchivado en Manuscript Deposition Service, ofreciendo este servicio de forma gratuita para ayudar a los autores a cumplir los requisitos de acceso abierto de sus patrocinadores e instituciones.

43 títulos de NPG ofrecen este servicio:

http://www.nature.com/authors/author_services/deposition.html

 

“Gold”

Mediante el pago de una tasa de 2.000 libras/3.000€/2.400$ los autores pueden publicar sus artículos en acceso abierto en las siguientes publicaciones:

 

Cancer Gene Therapy, European Journal of Clinical Nutrition, Genes and Immunity, International Journal of Impotence Research, Journal of Exposure Science and Environmental Epidemiology, Journal of Human Hypertension, Journal of Perinatology, Molecular Psychiatry, The Pharmacogenomics Journal and Prostate Cancer and Prostatic Diseases.

 

El texto final se depositará automáticamente en PubMed Central y los autores podrán depositar su artículo completo en los repositorios institucionales.

El artículo se publicará bajo licencia creative commons, pudiendo elegir el autor entre estas dos modalidades: Attribution-Noncommercial-No Derivative Works 3.0 Unported and the Attribution-Noncommercial-Share Alike 3.0 Unported Licence



Scitable
febrero 11, 2009, 8:11 pm
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Nueva recurso en línea gratuito, creado y lanzado por Nature Publishing, enmarcado en el ámbito de la genética

 

http://www.nature.com/scitable

 

Scitable es:

 

Red social

Portal de enseñanza colaborativa en línea

Biblioteca virtual

 

Dentro de Scitable podemos encontrar artículos y tutoriales, grupos de trabajo, colaboraciones en línea entre profesores y estudiantes, preguntas a expertos, etc.

 

Scitable en:

Twiter

http://twitter.com/Scitable

 

Friendster

http://profiles.friendster.com/scitable

 

Facebook

http://es-la.facebook.com/pages/Scitable-by-Nature-Education/29960048805

 

Youtube

http://www.youtube.com/watch?v=wOwDWPLD7kw

 

Myspace

http://vids.myspace.com/index.cfm?fuseaction=vids.channel&channelID=418550205&searchid=e082ae44-3ec0-4c71-8bb5-fa87f5711422